Manuel Alejandro Lekuona Etxabeguren nació en el caserío Etxetxiki, situado en Oiartzun, el día 9 de febrero de 1894. Allí habia nacido también Miguel Antonio Iñarra Mitxelena , tío de Manuel; sacerdote, escritor euskériko y lingüista.Iñarra influyó decisivamente en los escritos y el camino al seminario de Lekuona. La afición de su padre, José Luis Lekuona Etxeberria, también le condujo al estudio del bertsolarismo y del habla dialectal de su pueblo, a recoger testigos antiguos de la oralidad, así como a conocer la historia, historia del arte y etnología local.
En 1904 comenzó sus estudios en la Preceptoría de Latín de Baliarrain, con una veintena de compañeros entre los que se hallaba José Miguel Barandiarán. En 1914 ingresó en el seminario y es entonces cuando escribió la primera versión de Eun Dukat, una obra de teatro de dos actos que estrenó en el círculo Juventud Integrista de San Sebastián. Anteriormente había estrenado otra obra en este lugar titulada Hazienda Publikua, de la que no queda vestigio. También trabajó en el campo de la poesía, con poemas dedicados con motivo de efemérides populares o familiares. En 1915 la diócesis le nombró profesor de cátedra en euskera en el Seminario y en 1917 celebró su primera misa en Oiartzun.

Profesor en el Seminario de Vitoria

Manuel Lekuona fue profesor de lengua y literatura vascas en el Seminario de Vitoria durante veinte años, desde 1916 hasta 1936. Realizó trabajos de Folklore Vasco y de literatura oral. Dentro de estas publicaciones destaca Cantares populares. En 1930 presentó en el Quinto Congreso de Estudios Vascos una ponencia acerca de La poesía popular vasca y perteneció al equipo científico llamado Lyceum Cassiciacum.
En 1936 estalló la guerra civil y fusilaron a dos de sus hermanos. Don Manuel también fue perseguido pero Antonio Abauntz, capellán de las Brígidas de Lasarte, le dio cobijo en su casa, donde permaneció hasta el año 1941. A partir de ese momento se dedicó su trabajo de investigación a la historia eclesiástica local. Mientras permaneció en esa localidad guipuzcoana, escribió tres monografías: La Parroquia de Lasarte, El Convento de las Brígidas de Lasarte y Del Oiartzun antiguo.

El destierro tras la Guerra Civil

En 1941 partió a Calahorra, donde publicó notas históricas, arqueológicas y artísticas sobre arquitectura religiosa y donde permaneció hasta el año 1955. En 1950 es nombrado académico de número de Euskaltzaindia y pronuncia su discurso de entrada en Pamplona. Por encargo de la institución, preparó la cuarta edición de la publicación Gero, libro clásico en la literatura vasca. Durante esta época también colaboró con revistas de difusión cultural como Berceo, Euzko-gogoa, o Egan. Entre los escritos de esta época destacan La catedral de Calahorra, La parroquia de Santiago de Calahorra, o Naturaleza de los Santos Mártires de Calahorra.

El destierro finalizó en el año 1955. Al año siguiente fue acogido por las Jesuitinas de Andoain, lugar en el que permaneció hasta 1975. Fueron años de gran divulgación cultural con estudios sobre las iglesias. Al mismo tiempo, el Vaticano II estableció el uso de las lenguas vernáculas en la liturgia, y Manuel Lekuona tomó parte activa en este empeño. Este período fue importante para los escritos divulgativos, así como su aportación al campo de la investigación, especialmente dos trabajos metodológicos de etno-historia: Escollos de nuestra historiografía y Euskalerria Historiaren sarreran. Ambos muestran la metodología que emplea y su impostación genuina de cada asunto a la hora de abordar la historia local. En 1967 fue elegido presidente de Euskaltzaindia, sustituyendo a José María de Lojendio. En sus tres años de gestión, inició la Academia el proceso de unificación de la lengua. Este hecho, de gran trascendencia futura, provocó un alejamiento entre Don Manuel y la institución.